Les instruments passent ensuite au Stérilisateur à vapeurs chimiques et pression élevée, , à 134 °C, durant un cycle adapté à l’élimination des Prions (notamment responsable de la maladie de Creutzfeldt Jacob). Pour vérifier qu'un cycle de stérilisation s'est effectué dans des conditions de température et de pression conformes aux besoins, on utilise des indicateurs spécifiques sous forme de strips colorés que l'on place au centre de l'autoclave.
Le conditionnement:
Même après avoir subi un processus de stérilisation complet, les instruments non préalablement emballés ne seront pas stériles au moment de leur utilisation, dès lors qu'ils ont été en contact prolongé avec l'air. Ceci explique pourquoi, il est indispensable de les conditionner efficacement pour les protéger de l'environnement jusqu'à leur utilisation finale. Leur emballage s'effectue au moyen de gaines plastifiées dont la fermeture est assurée par un joint étanche. Les meilleurs joints sont obtenus grâce à des soudeuses thermiques qui permettent l'obtention de "soudures" de 12 mm aux extrémités de chaque sachet. Cette étape est longue à mettre en œuvre, mais elle est incontournable, surtout pour les instruments chirurgicaux.